Вход Регистрация

Открытые ГИС!

Конференция для пользователей и разработчиков ГИС с открытым исходным кодом

17—18 ноября 2012 года, Москва



Нелли Александровна Чижикова, Казанский федеральный университет

  • г. Казань
  • Казанский федеральный университет

Я буду на конференции: 17, 18 ноября

Мои семинары

Подтверждено Введение в разведочный анализ пространственного размещения точек с помощью пакета R: spatstat

Примерами данных, которые можно представить в виде пространственного распределения точек, являются местоположения деревьев в лесном хозяйстве, наблюдения за птицами с помощью радара и координаты птичьих гнезд в исследовании птичьих миграций, эпицентры землетрясений, координаты кратеров вулканов и гейзеров, местоположения окаменелостей и археологических находок, места совершения преступлений в криминалистике и т.д.
Экология растений и животных изобилует примерами изучения межвидовой и внутривидовой конкуренции, которые могут быть исследованы с позиций пространственных взаимодействий. Медицина и особенно эпидемиология также содержат много примеров изучения пространственных зависимостей. К примеру, если собрана пространственная информация об инфекционных заболеваниях, то основной вопрос исследования – зависят ли случаи появления инфекционных заболеваний от других пространственно распределенных случаев и объектов, таких как мест размножения и агрегаций насекомых.
Методы, которые будут рассмотрены на семинаре, относятся к анализу точечных образов и точечных процессов, формирующих эти образы, т.к. размещение изучаемых событий и объектов абстрактно может быть представлено в виде пространственного размещения точек. Основные моменты:

- Импортирование данных.
- Визуализация данных, построение карт помощью сетки и ядерных функций в бегущем окне.
- Проверка гипотез о соответствии размещения точек некоторым моделям пространственных процессов с помощью тестов хи-квадрат, функций расстояния до ближайшего соседа, функций Ripley и парной корреляционной функции.

Уровень подготовки слушателей: нулевой или начинающий.


ПО для работы и данные.

Учебные данные можно загрузить по ссылке: http://gis-lab.info/docs/gisconf/chizhikova/13.txt
(желающие могут использовать свои данные с аналогичным набором колонок, см. файл, это должны быть координаты X, Y объектов и одна или несколько колонок с атрибутивными данными объектов).

Для работы на семинаре потребуется установить среду для анализа данных R и пакет spatstat:

1. Скачайте установочный файл R по ссылке: http://cran.r-project.org/bin/windows/base/R-2.15.1-win.exe
Установите программу.

2. После установки R нужно загрузить из сети и установить пакет spatstat. Лучше всего это сделать из самого R, т.к. вместе с этим пакетом R загрузит из сети и установит другие пакеты, от которых «невидимо» зависит сам spatstat. Для этого:

(i) Запустите установленную программу R.
(ii) Выберите пункт «Пакеты» – «Установить пакеты» («Packages» – «Install packages»).
(iii) В появившемся окне выберите любой сайт-зеркало, с которого установить пакет. Например, выберите зеркало Russia, которое как раз размещено на сайте Gis-lab.
(iv) В следующем появившемся окне из списка пакетов выберите пакет spatstat.

3. После установки проверьте, что всё получилось. Попробуйте запустить пакет. Наберите в консольном окне R команду, запускающую пакет spatstat и проследите, что нет сообщений об ошибках:

library(spatstat)

4. Если установка пакета способом, описанным выше, не удалась, тогда:

(i) необходимые пакеты можно скачать из сети в виде архивных zip-файлов и затем сохранить их на жестком диске:
http://cran.gis-lab.info/bin/windows/contrib/r-release/spatstat_1.29-0.zip
http://cran.gis-lab.info/bin/windows/contrib/r-release/mgcv_1.7-22.zip
http://cran.gis-lab.info/bin/windows/contrib/r-release/deldir_0.0-21.zip
(ii) Запустите установленную программу R.
(iii) Выберите пункт меню «Пакеты» – «Установить пакеты из локальных zip-файлов» («Packages» – «Install packages from local zip files»). Укажите сохраненные на диске zip файлы.

R, spatstat, пространственное размещение точек, разведочный анализ